Pierwsza wzmianka o Czerninie pojawia się w dokumencie źródłowym z w roku 1281 i dotyczy utworzenia parafii oraz poświęcenia kościoła w Czerninie.
Przy tej okazji biskup kamieński Hermann ofiarował kościołowi relikwię św. Marcina oraz obdarzył nowoutworzoną parafię 4 włókami ziemi i karczmą oraz przydzielił wsie: Dębogard, Pustary, Trzynik i Coykow jak również 6 korców żyta z Miechęcina.
Z tego ostatniego zrezygnował proboszcz z Dygowa Nicolaus na rzecz proboszcza z Czernina, którym w roku 1289 był kołobrzeski kanonik Dietrich. Nieco później, w 1307 r. tenże biskup potwierdził nadanie proboszczowi Johannes'owi Leutin i jego bratu Dietrichowi warzelni soli w Kołobrzegu. Do parafii w Czerninie należały odtąd wsie Bogucino, Dębogard i Trzynik.
W roku 1308 r. biskup kamieński przyznał "ludziom z zamku w Karlinie" nadanie spustoszonej wsi Dargocice (która do tej pory należała do proboszcza, dziekana i kapituły kolegiaty kołobrzeskiej), do tego połowę dziesięciny z tak samo spustoszonej wsi Runowo, która należała do proboszcza tego samego kościoła, a w zamian przekazał kapitule kołobrzeskiej połowę dziesięciny z Pustarów, oprócz tego 3 dromty owsa z Biesiekierza i własność pól zwanych Metelow (Meitlow) o wielkości 6 włók w Czerninie. Pięć lat później oddał on w lenno kapitule kołobrzeskich jako odszkodowanie za odebrane im Dargocice i połowę dziesięciny w Runowie, połowę dziesięcin w Pustarach i 6 dromt owsa w Biesiekierzu oraz 6 włók ziemi w Metelow przy Czerninie, z pewnością w związku z dotacją ufundowanych przez kapitułę kolegiacką 2 Minorprebend, które otrzymali proboszcz Busso i ksiądz Hermann Plótz.
W 1308 r. przekazuje on cały rząd wakujących beneficjów czy prebend, m.in. także Czernin, kamieńskiej kapitule katedralnej do wspólnego użytku. O dużym zainteresowaniu kościoła wsią Czernin świadczy także sprzedaż 10 włók nakeżących do wsi przez biskupa Konrada IV za 300 marek kapitule kołobrzeskiej. Na koniec biskup Arnold przeniósł w 1330 r. udział własnościowy na Czerninie, który rycerz Wolf v. Schmeling odstąpił kołobrzeskiemu kanonikowi Ludwigowi de Wida w zamian za wieś Piotrowce, w prawne użytkowanie kapituły, co dokumentują kołobrzescy radcy w tym samym roku. Jednak w testamencie wystawionym w 1331 r. przez kanonika Ludwiga de Wida, który to testament potwierdził biskup w 1339 r. wraz z mianami, de Wida zapisuje swój udział we własności wsi kapitule razem z wsiami Bardy i Dębogard, które były traktowane jako jego wsie testamentowe.
W r. 1520 został wystawiony dokument, w którym biskup Martin Carith złagodził spór graniczny pomiędzy trzema wsiami testamentowymi Czernn, Dąbogard i Bardy o pola zwane Meitlow (także Neitlow). W protokóle wizytacjnym kościoła mariackiego z 1554 r. wymienieni są wymienieni mieszkańcy Schlavcke Wernin (1500 i 1507 r.), Paweł Monchow (1525), Kameke Wernin, Slauke Wernin (1508) i Hans Damitz (1502) "pan na Czerninie - erbsessen to Cernin". Według pomorskiego matrykularza ziemskiego "Thumb Capituf -Kapituła w 1603 r. miała do opodatkowania we wsi Czernin 9 włók piaszczystych gruntów.
W 1630 roku, podczas wojny 30-letniej cesarskie wojska zniszczyły położony przy Budzistowie most na Parsęcie. W ten sposób zamknięto drogę do wsi Bogucino należącej do kaplicy św. Gertrudy w Kołobrzegu. Przez najbliższych 30 lat wieś miała w związku z tym należeć do parafii w Czerninie, aż do czasu odbudowy mostu. Ponieważ jednak mostu nie odbudowano, wieś pozostała w parafii Czernin na dłużej, choć proboszcz z Czernina musiał dzielić się świadczeniami ze wsi Bogucino ze swoim kolegą z kaplicy św. Gertrudy w Kołobrzegu. Również ciesząca się nie najlepszą sławą z powodu zdarzających się tu licznych napaści na podróżujących, a należąca do parafii czernińskiej wieś Coykow lub Koikow zniknęła podczas tej wojny z powierzchni ziemi. Jedynie stróżówka leśna pod nazwą Wustenei w kołobrzeskim lesie miejskim pozostała przy parafii w Czerninie, przypominając o zaginionej osadzie.
Z roku 1666 zachowało się wykonane przez pastora Dionysius'a Scheunemarura zestawienie ważniejszych mieszkańców wsi. Według niego było tu 18 gospodarzy: Hans Pape (sołtys), Christian Polte, wdowa po Mdrtenn Wirschlaffs (który miał 3 włóki ziemi księżej - Priesterhufen), Joachim Maafi, Hans Pape jun., Marten Kape, Christian Marten, Hans Likevett, Davis Marten, Hans Knappert, Casten Pape, Jochim Bublitz, Jochim Schwerdfeger jun., Peter Kape (który miał 4 włóki księżej ziemi), Marten Lange, Jochim Schmid, Jochim Schwerdfeger satrszy, Jacob Riemer (karczmarz w karczmie Strópsack); 11 zagrodników; Hans Kape, Hans Wirschlaff, Jochim Hofemann, Jacob Eicholtz, wdowa po Franz Maafi, wdowa po Jochim Kowalken, Michel Marten, Jacob Schimmelpfenning, Jacob Bublitz, Marten Wilde, Hans Maafi (krawiec) oraz 3 innych "3ey andern Einliggen" (mieszkających kątem): Jochim Pape (cieśla), Asmus (szwewc), Aicl (Szwed? - krawiec i robotnik dniówkowy).
Także potrójne oblężenie Kołobrzegu w czasie wojny 7-letniej wsie leżące w jego otoczeniu odczuły w szczególny sposób. Wielu ludzi zmarło wtedy z głodu i choroby. Wiele ofiar pociągnęła za sobą tzw. krwawa dezynteria, czyli czerwonka (w księdze kościelnej z Czernina z 1762 r. zapisano, że w przeciągu 8 miesięcy na skutek zarazy zmarło aż 321 osób z terenu parafii). Podczas trzeciego oblężenia Kołobrzegu Rosjanie przez 23 tygodnie - od sierpnia do grudnia 1761 r. grasowali po okolicy. Ponieważ mieszkańcy Czernina uciekli wówczas do Trzebiatowa i schronili się tam na okres od 21.08.1761 r. do 14.01.1762 roku, Rosjanie bez przeszkód mogli w tym czasie dokonać spustoszenia w opuszczonej wsi. Jednak zaledwie 20 lat później L. W. Bruggemann opisywał, że wieś Czernin około roku 1780 liczyła 1 pastora, 1 gospodarstwo sołtysa, 15 kmieci, 2 półchłopów, 9 zagrodników, 1 dom wdowy po pastorze, 30 dymów i 1 kościół parafialny. Szkody z okresu wojny 7-letniej najwyraźniej zostały przezwyciężone. Także w roku 1807 Czernin został zajęty przez wojska, tym razem napoleońskie, które oblegały Kołobrzeg. Według przekazów Francuzi wyrządzili we wsi wiele nieodwracalnych szkód, m in. zdemontowali zegar z wieży kościelnej.
Jeszcze około roku 1780 na polach otaczających wieś, za wyjątkiem samotnie leżącej karczmy Strópsack, nie było żadnych wybudowań. Po komasacji gruntów, która została przeprowadzona w 1 połowie XIX wieku, i po rozwiązaniu poddaństwa w stosunku do Urzędu Kołobrzeg (który w 1811 r. przejął własność po rozwiązanej wówczas kapitule katedralnej), gospodarze stali się odpowiedzialni za stanowiące odtąd ich wyłączną własność gospodarstwa. Następstwem przeprowadzonej reformy uwłaszczeniowej była rozbudowa wsi w kierunku południowym, dzielenie gospodarstw i realizowanie nowych wybudowań na polach. Tak powstały wybudowania Neu Zernin (Bergen), wybudowania przy drodze do Dygowa (Draufienend) oraz kolonia leśna Hage, zwana również Zerninsche Katen, która wyrosła na rozparcelowanym, ale należącym do gminy Czernin terenie na skraju kołobrzeskiego lasu miejskiego; około roku 1880 została ona przyłączona do nowo utworzonej gminy wiejskiej Nett Tramm (Stramniczka), razem z 89 ha ziemi na północ od Grofien Moores. Później, około roku 1928, dołączono do niej jeszcze 43 ha. Od roku 1861 1/3 ludności gminy mieszkała poza zamkniętą wsią. Kiedy w latach 1836-1839 została zbudowana szosa z Kołobrzegu do Białogardu, przechodząca obok karczmy Strópsack, powstało tam stanowisko opłaty drogowej, zwane również Chausseehaus, które dopiero w 1873 r. przy zniesieniu podatku (cła) drogowego, utraciło swoją funkcję. Oddana do użytku w 1859 r. kolej żelazna Kołobrzeg-Białogard przecinała tereny należące do Czernina, nie dochodziła jednak do samej wsi. W 1861 r. Czernin liczył 99 budynków mieszkalnych i 116 budynków gospodarczych.
Kiedy około roku 1863 spaliła się część wsi (7 gospodarstw), na ich miejscu odbudowano "piękniejsze i większe", z reguły w charakterystycznym układzie trójbocznym (na planie litery "U"). Przed I wojną światową wybudowano w Czerninie 2-klasową szkołę, w której uczyło i mieszkało dwóch nauczycieli. Nieopodal kościoła i szkoły postawiono pomnik ku czci poległych w I wojnie światowej mieszkańców Czernina. W 1925 r. w Czerninie było 100 zamieszkanych budynków (przy 111 gospodarstwach domowych).
Rosyjskie czołgi wkroczyły do Czernina w niedzielę 4.03.1945 r. Dawni mieszkańcy Minna Marten i jej syn Eckhard tak wspominają to wydarzenie: "Rosyjskie czołgi zaatakowały Czernin 4.03.1945 r. od strony Dębogardu. Odważny właściciel ziemski z Prus wschodnich, który dobrze znał język rosyjski, wyszedł naprzeciw nadchodzącym wojskom i poinformował je, że w Czerninie nie ma żadnych wojsk niemieckich i że wieś nie będzie się bronić. Czołgi oddały kilka strzałów w powietrze, ale wieś nie została ostrzelana i w takim stanie przeszła w rosyjskie ręce. Wszystkie domy zostały przeszukane w związku z podejrzeniem, że mogą się tam ukrywać żołnierze Wermachtu. W tym i w następnych dniach wszyscy mieszkańcy, także polscy i rosyjscy robotnicy przymusowi, jak również jeńcy francuscy, musieli opuścić wieś. Wszyscy Niemcy pojechali do Dębogardu. Na zachodnim skraju wsi, przy gospodzie Strópsack, przy sklepie Kanemann 'a i przy piekarni Goedtk'ego Rosjanie rozmieścili stanowiska obronne, skąd ostrzeliwali miasto aż do jego upadku. Po upadku Kołobrzegu 18.03.1945 r. niemieccy mieszkańcy mogli wrócić do Czernina, z wyjątkiem tych gospodarstw, w których zakwaterowało się rosyjskie wojsko. I tak np. u Bonnefi'ów znajdowała się komendantura z kwaterą oficerską w gospodzie obóz jeniecki dla około 250 niemieckich jeńców, który został ogrodzony wysokim drutem kolczastym. Jeńców trzymano tam, aby dokończyli żniwa. Zboże leżało w wielkich stosach nie przykryte, tak, że w większej części po prostu się zmarnowało. Wielu niemieckich mieszkańców uciekło jeszcze przed zajęciem wsi. (za O. Haeger, Geschichte des Dorfes Zernin, s. 47-50.) Większość pozostałych mieszkańców opuściło wieś w latach 1945-46.
- Położenie - Czernin położony jest w zachodniej części gminy Dygowo
- Liczba mieszkańców - Miejscowość zamieszkiwana jest przez 341 osób (stan na 12 sierpień 2008 r.)
- Infrastruktura techniczna - Miejscowość usytuowana jest na szlaku komunikacyjnym o znaczeniu powiatowym, wodociąg, gaz, linia telefoniczna i energetyczna
- Wartości kulturowe:
- Kościół filialny zbudowany w XIII wieku
- Na terenie miejscowości znajdują się zabytkowe chałupy ryglowane z I i II połowy XIX w.
